Premessa:
 Anno 1954: due cugini di 10 anni scoprono di saper prevedere il futuro in sogno, e lì vedono un vecchio che piange; un giorno incontrano personalmente quell'uomo presso l'università di Princeton e cercano di lenire le sue pene tirandogli su il morale con la loro allegria e spensieratezza. Il vecchio raccontò loro che il motivo per cui piangeva era legato alla bomba nucleare, perchè i suoi studi hanno permesso di costruire questa enorme forza distruttiva che era stata usata su Hiroshima e Nagasaki. Così i due cugini decidono di andare a vedere con i loro occhi i danni che avevano fatto le bombe, in uno dei loro sogni; fu allora che si resero conto della tragedia che aveva provocato la bomba nucleare, ma con essa videro anche un grosso albero bruciare. Successivamente continuarono a cercare nei loro sogni quell'albero, ma invece incontrarono una donna bellissima: il suo nome era Ruika ed essa era la custode del Global Garden. Chiese loro di incontrarla nel futuro, nel XXI secolo, così avrebbe esaudito i loro desideri. Ma i cugini sapevano che in quegli anni sarebbero stati anziani e quando raccontarono al vecchio di quella ragazza, lui propose loro la soluzione: due scienziati avevano creato delle pillole che rallentavano al massimo l'invecchiamento, così i due cugini avrebbero potuto vivere a lungo. Loro sapevano che le pillole erano per il vecchio, perchè sentiva il dovere di prendersi la responsabilità di ciò che le bombe atomiche avevano fatto, ma era malato e per questo decisero di proporsi loro per esaudire anche il suo desiderio e di trovare Ruika. Il nome del vecchio era Albert Einstein.

Trama:
 Anno 2005; Einstein è tornato, o meglio risiede nelle pupille di un grazioso bambino, di nome Robin, a sua insaputa per poter controllare i suoi due "inviati". Lui non parla, come Einstein da piccolo, e forse è proprio l'influenza dello scienziato a provocare questo. In una libreria Robin incontra Masato, l'aiuto bibliotecario, per avere in prestito un libro. Ma in realtà è Ruika, che si finge suo fratello per lenire il dolore di sua madre: Ruika è l'unica sopravvissuta di un incidente aereo dove morì suo fratello; i genitori li credevano morti entrambi (Ruika era stata erroneamente inserita nell'elenco dei morti) così suo padre cercò di raggiungerli, ma ebbe un'incidente e morì anche lui, mentre la madre subì un forte shock. Quando Ruika andò a trovarla in ospedale, dov'è tutt'ora ricoverata, credette che colui che si salvò dall'incidente fosse Masato, perchè Ruika aveva messo il berretto del fratello per coprire le bende; da allora la ragazza ha assunto il ruolo del fratello talmente a fondo, che anche il suo corpo sta cambiando tanto da assumere una forma maschile.
 Ogni giorno Ruika va a trovare la madre in ospedale, dov'è tenuta sotto osservazione da un medico. Il dottore, che funge anche da tutore alla ragazza, comincia a preoccuparsi per la trasformazione che sta subendo Ruika. Kodai, il figlio del medico, ha da sempre una cotta per la ragazza, ma a lei non va la sua compagnia e incontrando per caso Robin, usa il bambino come pretesto per allontanarsi da sola. Trascorrono un po' di tempo insieme, ma il bambino si rende subito conto che lei non è Masato guardando una foto di lei e suo fratello da piccoli. Dopo un po' arriva un ragazzo che cerca Ruika Atsuki ed è contento di averla finalmente trovata ma, quando lei gli dice che è morta, il ragazzo se ne và desolato riportando con sè Robin. Il giorno dopo Ruika, mentre tenta di fuggire dalle prediche di Kodai, vede Robin che sta per essere travolto da un'auto. Si tuffa in mezzo alla strada per salvarlo e lì ha una fugace visione di un vecchio che piange e di due bambini di nome Hikaru e Haruhi; e in quel momento ritorna il ragazzo, convinto che lei non sia Masato, ma Ruika. Stava ancora ripensando a ciò che era successo, il giorno in bibliteca, quando si presenta Robin che, con l'ausilio di un biglietto, le chiede se può insegnargli a scrivere; dopo un po' arriva Manami, la sorella di Kodai, che le chiede di andare a trovare quei ragazzi che aveva sentito dire dal fratello e Robin le conduce fino alla suite imperiale di un grande hotel. Hikaru confessa a Ruika che non vuole farle del male, ma solo proteggerla; in quel momento le certezze di Ruika crollano e scoppia a piangere, ma senza volergli dire il motivo per il quale lei si finge suo fratello. In quel momento Robin lo spiega a Hikaru scrivendolo su un blocco e lui si spaventa perchè, se continua a desiderare di essere un uomo lo diventerà veramente, in quanto la dea del Global Garden ha il potere di realizzare i desideri, tranne i propri. Ruika, sentendo minacciato il suo modello di vita, scappa via. Si sente insicura, sa che quello che sta facendo alla madre è ingiusto, ma teme di farla soffrire ancora. In un altro pomeriggio che Ruika passa con la madre, lei gli racconta di un sogno che fece da giovane: era in un campo e c'era una luce in alto. Mentre si avvicinava alla fonte luminosa, si accorse di un grosso seme che stava lì in alto e, mentre cercava di toccarlo, quello le scivolò in bocca e lei lo inghiottì. Le cadde una lacrima e in quel momento a partire dai suoi piedi sbocciarono fiori a perdita d'occhio e quando alzò gli occhi verso la luce si rese conto che in realtà era un vecchio che teneva in mano i semi, ma quando cercò di capire chi fosse, si svegliò; quello stesso giorno seppe di essere incinta di Ruika. La ragazza tornò a trovare Hikaru dopo qualche giorno chiedendogli per quale motivo lui cercasse Ruika con tanta ostinazione. Allora Hikaru le raccontò della Ruika che aveva incontrato in sogno e del suo desiderio di essere protetta. In quel momento a New York, Haruhi capisce che Hikaru ha trovato Ruika.
 Nel frattempo lui le racconta di aver visto in sogno due Ruika. A seconda di dove è ambientata la visione, Ruika gli si presenta in sembianze diverse. Nel futuro è Skuld, nel passato Urd e nel presente Verdandi. Tutte e tre proteggono l'albero cosmico chiamato Yggdrasil che sta alla base del mondo. Quando incontra Robin, lui le spiega meglio ciò che ha voluto dire Hikaru: presto lei in sogno lo incontrerà bambino con le sembianze di Urd, e così accade. Gli amici di Hikaru, Sein e Fujimaru, lo rimproverano perchè è stato un po' troppo affrettato a raccontargli tutto e così facendo l'ha spaventata. Manami si presenta da Ruika e le chiede di accompagnarla in un negozio di abiti femminili e lei accetta; una volta arrivati, mentre Manami si prova alcuni vestiti, anche Ruika rimane incantata a fissarne uno e viene "scambiata" per una donna. Arriva Kodai e si scopre essere tutto un piano per farle indossare un vestito femminile, ma Manami, in extremis, si oppone all'inganno e smaschera il piano del fratello. Tornata a casa riceve una telefonata da Hikaru che la invita ad abitare con lui, ma Ruika involontariamente gli riattacca. Negli Stati Uniti, Ness si sveglia da un sonno dove ha sognato per la prima volta Skuld e con il compagno Juan va da Sissy, la ragazza di Haruhi, che dà loro il compito di indagare sulla sessualità di Ruika per capire se lei è effettivamente Verdandi. Sissy dà loro una foto di Ruika, solo che Ness non vede la ragazza nella foto, ma Skuld e trova inutile indagare. Hikaru incontra di nuovo Ruika per spiegarle la sua proposta: lui dirà alla madre che anche Ruika è viva, ma ha perso la memoria, così lei potrà finalmente essere una figlia per sua madre. Quella notte Ruika incontra in sogno il fratello Masato che le dice di non avere paura e tentare per essere una donna a tutti gli effetti. Ruika, quindi, accetta la proposta di Hikaru e si trasferisce nell'hotel; Il ragazzo spiega al medico il suo piano e lui gli dà tutto il suo appoggio. Nel frattempo Ruika entra in un centro di bellezza per curare un po' il suo aspetto prima di incontrare la madre e, mentre desidera di essere finalmente una donna, le spunta un bel seno. Ruika, spaventata, torna ad essere un uomo, e l'estetista che la stava assistendo scappa terrorizzata. Allora Hikaru la consola e le spiega che il suo corpo muta improvvisamente per via dei fiori del Global Garden e che non deve averne paura. Intanto Ness e Juan decidono di mettere una telecamera nel bagno di Ruika per accertare il suo vero sesso. Hikaru torna in hotel con un po' di spesa, compreso il vestito che Ruika si era fermata a guardare con Manami. Il giorno dopo inizia la prima fase del piano: la ragazza, anche se un po' spaventata dalla reazione di un possibile rifiuto della madre, le dice che Ruika è viva anche grazie all'aiuto di Hikaru, ma la madre non vuole crederci. Così, sconvolta, ritorna in hotel e piange dicendo che non riesce più a tornare donna; Hikaru la consola ancora una volta dicendole di non arrendersi perchè a lei era stata concessa una seconda possibilità, negata invece a Masato.
 Ruika torna a sognare Masato, questa volta nel Global Garden; lui le dice che sono stati lì quando sono morti e che lei è tornata indietro portando con sè anche l'anima del ragazzo. In quel momento Ruika si accorge di non essere più nel suo corpo materiale, ma ha preso le sembianze di Skuld; Masato la mette in guardia su due loschi tipi che l'hanno presa di mira e lei si sveglia. Inizia a prepararsi per andare a trovare la madre con le sembianze di donna indossando una parrucca, ma la madre non è molto convinta che quella sia veramente Ruika; Manami sconvolta cerca di farglielo capire, ma il padre dice che per ora è meglio non insistere. Robin suggerisce a Ruika di indossare uno dei vestiti che le ha comprato la madre, come se volesse che la figlia fosse ancora viva e vanno a prenderli. Ness e Juan si nascondono all'improvviso, ma quando Ness vede Ruika non resiste alla tentazione e esce allo scoperto; Robin tenta di fuggire, ma viene tramortito e Ruika sviene. In quel momento Masato prende possesso del corpo di Ruika, scoprendosi il petto per far credere ai due che è un uomo; il campanello suona e Robin, che è tornato in sè senza che nessuno se ne accorgesse, va ad aprire. Entra Hikaru e, quando vede cosa sta succedendo, dà una dimostrazione della sua forza sovrumana sollevando Ness per il collo. I due allora gli parlano della bellezza di Haruhi, in confronto alla natura da demone di Hikaru. Una volta cacciati, il ragazzo spiega a Ruika cosa è successo: all'inizio lui e Haruhi erano grandi amici e avevano sempre visioni di un uomo che piangeva. Egli aveva scoperto una formula che aveva permesso di costruire la bomba atomica; decisero quindi di andare a vedere gli effetti di questa arma, e videro persone con la pelle che si scioglieva, mentre altre rimettevano gli occhi nelle orbite. Quando incontrarono quell'uomo gli dissero che oltre ad Hiroshima e Nagasaki avevano visto anche un grosso albero bruciare, un albero che gira intorno alla terra: Yggdrasil, l'albero del mondo. In parte bruciato dallo scoppio, ora sta morendo, ma se disgraziatamente dovesse morire, la terra verrebbe scossa da enormi cataclismi. Guardando nel futuro hanno visto che l'albero, grazie a Skuld, è stato replicato, ma da sola non riesce a far tornare in vita Yggdrasil e ha bisogno di qualcuno che viva con lei non solo con lo spirito, ma anche con il corpo; Skuld è anche capace di esaudire i desideri degli altri, e benchè abbia forma umana è come l'uranio. Ha bisogno di qualcuno che vada da lei per poter innescare l'esplosione che riattiverebbe il battito della terra. Anche Robin racconta a Ruika come si è salvato dall'incidente automobilistico in cui morirono i genitori: dopo essere uscito dalla macchina voleva chiedere aiuto e da dentro di sè è uscito un vecchio che lo ha guidato fino alla strada dove ha trovato Hikaru. Il vecchio, una volta che Robin era in salvo, era rientrato dentro di lui; quel vecchio somigliava molto ad Einstein. Ogni tanto lo ritrova in sogno e cerca di ringraziarlo, mentre lui dice che non parla perchè dentro di lui manca qualcosa. Quella notte Ruika sogna Skuld, Urd e Verdandi, ma non riesce ad avvicinarsi ad Hikaru. Nel frattempo le visite di Ruika, nei panni di donna, a sua madre continuano finchè lei le confessa che trova la sua presenza gradevole.
 Sein e Fujimaru si incontrano con Ness e Juan per escogitare un piano che avrebbe permesso ai due di portare Ruika in America e studiarla per salvare i parenti di Sein e Fujimaru che stavano male per colpa di Hikaru: avevano trovato lavoro in una villa dove sperimentavano su di loro alcuni farmaci; si vociferava che in quella villa ci fosse un angelo, un ragazzo di nome Haruhi con le sembianze di un bambino dal cui sangue venivano ricavati i farmaci. Un giorno la sorella di Sein, sconvolta, racconta che il vero angelo era nascosto all'interno della villa, nell'ala nord, e che su di lui Haruhi riversava tutto il suo sudiciume; in quel momento alla ragazza iniziano a cadere i capelli e Sein e Fujimaru scoprono che i farmaci sono stati ricavati col sangue del diavolo dell'ala nord: il suo nome era Hikaru. Quel weekend la madre di Ruika torna a casa e lei con la complicità del ragazzo inscenano una finta notte di lavoro per Masato, cosicchè Ruika potesse passare la notte con la madre nei panni di figlia; la madre volle comunque andare a trovare Masato perchè aveva l'impressione che si stesse allontanando da lei. In biblioteca, Manami sarebbe dovuta andare in giro vestita da Masato per convincere la madre del fatto che il ragazzo è al lavoro ma, senza che Ruika se ne rendesse conto, la madre scopre l'inganno. La donna chiede spiegazioni a Hikaru che toglie la parrucca a Ruika e spiega alla madre che deve svegliarsi dal sogno in cui l'ha proiettata Ruika e accorgersi che Ruika è lì, prima che sia troppo tardi, altrimenti avrà perso entrambi i suoi figli. Una fugace visione di un bimbo ai piedi di un albero in un prato fiorito compare davanti agli occhi della madre di Ruika, che avvicinandosi toglie il cappello al bambino...