Nell'anno 2000 un immenso oggetto cadde in Antartide,era Adam il primo angelo e con lui l'inizio dell'inferno...Adam è un grande organismo e dopo svariati esperimenti accadde una tragedia il Second Impact. L'Antartide venne distrutto e questo causò una onda anomala che ricoprì tutto il pianeta...causa? Un meteorite dicono...Anno 2015. Una nuova città dopo il disastro è stata creata Neo Tokyo 3. Città sotterranea assediata da Angeli e in difesa della razza umana ci sono gli umani con i loro Evangelion e i piloti di quest'ultimi. Tutto si svolge nella NERV una organizzazione creata per distruggere gli Angeli,è lei che realizza gli Evangelion e ci sono 3 principali piloti tutti di 14 anni e con qualcosa in comune: Soryu Asuka Langley,Shinji Ikari e Rei Ayanami. Gli Angeli sono imprevedibili,acquisiscono ogni forma e attaccano senza preavviso...cosa accadrà?