Ahiru (che vuol dire Papera in giapponese), è una piccola ragazza delle superiori che comincia il suo programma di balletto. E' goffa e buffa. Ha una cotta per il suo senpai, Mute, che è un ragazzo dal look triste, molto preso da Ruu, una ballerina di talento che sta frequentando la stessa scuola di Ahiru. 
Ahiru scopre che Mute è il Principe di una storia scritta dal defunto scrittore  Drosselmeyer. Quando Drosselmeyermorì, il principe e il corpo cattivo con cui combatteva nella storia, sono fuggiti. Il principe ha sconfitto il corpo,ma solo a spese del suo cuore in pezzi. Mute è un ragazzo senza comprensione o sentimenti. Drosselmeyer è ritornato in qualche modo, e ha offerto ad Ahiru una chance di aiutare Mute. Lei deve trasformarsi in Princess Tutu, una magica ballerina, ed aiutare a ritrovare i pezzi del cuore del principe. C'è una cosa comunque. Mute è controllato dal suo compagno di stanza Fakia, un ballerino che sembra voler mantenere il ragazzo senza anima e cuore. Un'altra cosa: Drosselmeyer ha anche detto ad Ahiru che un certo sogno che lei sta facendo è reale. Lei è davvero una piccola papera ed è stata trasformata in una ragazza solamente per poter diventare Princess Tutu. Se comincia a farfugliare-facendo quack come una papera-ridiventerà paperetta.